页面设计说明
Model Comparer这个页面的设计是为了让用户能够查询和比较他们感兴趣的多个model(购物篮model)的组学特征,从而帮助用户了解每个模型的分子特征, 展示我们细胞系与CCLE等细胞系的区别,突出中国特色。
我们初步设计了三个工具:
1. Model fingerprint,展示cCCLE多个模型的多组学特征,如用oncoprint展示突变特征,用heatmap/umap展示表达聚类等
2. Dataset comparison,展示比较cCCLE和CCLE、ICGC等外部数据集
3. Model match,用户上传一个或多个他们自己的组织或者细胞的数据,通过比较寻找pattern最像的model可以用于他们的后续研究
我们设计这个页面是多个工具的聚合页面,用户在左侧边栏先选择工具、数据集和参数,右侧展示数据分析结果,这样用户可以在一个页面内用不同的工具回答不同的问题。
以下是一个设计草稿,仅用于展示页面UI效果和工具使用逻辑。
1
Analysis Mode
Model Fingerprint
Cross-model benchmarking
Dataset Comparison
cCCLE vs. CCLE/Sanger
Model Match
Custom Data Alignment
2
3 Models
Selected Models
HepG2_V2
PANC_1
MCF7
3
Fine-tuning
Auto-Clustering
Powered by cCCLE Core Engine
以下是参考的数据分析示例,不对应具体工具
Omics Data Summary
Aggregated raw data for selected models
| Gene | Model ID | Variant Type | Protein Change | Clinical Significance |
|---|---|---|---|---|
| EGFR | PC-9 | Missense | p.L858R | Targetable (FDA) |
| TP53 | H1299 | Deletion | fs* (Exon 4) | N/A |
| KRAS | A549 | Missense | p.G12S | Targetable |
Displaying Top 50 of 128 variants
Mutation Fingerprint
Genomic Alteration Landscape & Fingerprinting
Focus Area
Missense (点突变)
Amplification (扩增)
Deletion (缺失)
No Alteration
Prototype: Selected Models (5)
| Genes |
HepG2
|
PANC-1
|
MCF7
|
A549
|
HT-29
|
|---|---|---|---|---|---|
| TP53 | |||||
| KRAS | |||||
| EGFR | |||||
| PIK3CA |
Export SVG
Data Table
* Interactive visualization for model selection support
https://depmap.org/portal/celligner/