页面设计说明

Model Comparer这个页面的设计是为了让用户能够查询和比较他们感兴趣的多个model(购物篮model)的组学特征,从而帮助用户了解每个模型的分子特征, 展示我们细胞系与CCLE等细胞系的区别,突出中国特色

我们初步设计了三个工具:

1. Model fingerprint,展示cCCLE多个模型的多组学特征,如用oncoprint展示突变特征,用heatmap/umap展示表达聚类等
2. Dataset comparison,展示比较cCCLE和CCLE、ICGC等外部数据集
3. Model match,用户上传一个或多个他们自己的组织或者细胞的数据,通过比较寻找pattern最像的model可以用于他们的后续研究

我们设计这个页面是多个工具的聚合页面,用户在左侧边栏先选择工具、数据集和参数,右侧展示数据分析结果,这样用户可以在一个页面内用不同的工具回答不同的问题。

以下是一个设计草稿,仅用于展示页面UI效果和工具使用逻辑。

1

Analysis Mode

Model Fingerprint
Cross-model benchmarking
Dataset Comparison
cCCLE vs. CCLE/Sanger
Model Match
Custom Data Alignment
2

Selected Models

3 Models
HepG2_V2
PANC_1
MCF7
3

Fine-tuning

Auto-Clustering

Powered by cCCLE Core Engine

以下是参考的数据分析示例,不对应具体工具

Omics Data Summary

Aggregated raw data for selected models

Gene Model ID Variant Type Protein Change Clinical Significance
EGFR PC-9 Missense p.L858R Targetable (FDA)
TP53 H1299 Deletion fs* (Exon 4) N/A
KRAS A549 Missense p.G12S Targetable
Displaying Top 50 of 128 variants

Mutation Fingerprint

Genomic Alteration Landscape & Fingerprinting

Focus Area
Missense (点突变)
Amplification (扩增)
Deletion (缺失)
No Alteration
Prototype: Selected Models (5)
Genes
HepG2
PANC-1
MCF7
A549
HT-29
TP53
KRAS
EGFR
PIK3CA
Export SVG
Data Table

* Interactive visualization for model selection support

https://depmap.org/portal/celligner/

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